南昌大学自1965年始招收研究生，目前研究生教育涵盖哲、经、法、教、文、史、理、工、农、医、管、艺、交叉等13个学科门类，现有22个博士学位授权一级学科，3个博士专业学位授权类别，18个博士后科研流动站，49个硕士学位授权一级学科，35个硕士专业学位授权类别。学校坚持面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康，为国家和地方经济社会发展培养输送了大批高层次优秀人才。2013年至今，共授予博士和硕士学位42398人，其中博士学位2145人，硕士学位40253人。

近年来，南昌大学坚定走内涵式发展道路，加快推进研究生教育高质量发展。2021年，推出《南昌大学研究生教育攀登行动计划》，实施“学科专业优化行动、导师岗位强化行动、课程教材建设行动、产教融合推进行动、‘四自’教育扎根行动、全过程质量管控行动”等六大行动，在研究生教育学科专业建设、专业学位研究生培养模式创新、研究生培养全过程管理、拔尖创新人才自主培养等方面取得积极成效。2018年，入选全国高校首批“百个研究生样板党支部”“百名研究生党员标兵”，“双入选”在中西部高校中表现十分突出；2021年，获批7个一级学科博士学位授权点，2个博士专业学位授权类别，新增博士学位授权点数量位列全国第一；我校研究生在第七届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛主赛道斩获5金，其中“中科光芯—硅基无荧光粉发光芯片产业化应用”荣摘总决赛桂冠；2023年，荣获高等教育（研究生）国家级教学成果奖二等奖2项，是中西部部省合建高校本次唯一获得2项高等教育（研究生）国家级教学成果奖高校。

2023年7月，印发了《南昌大学卓越工程师学院成立实施方案》《南昌大学卓越工程师创新研究院建设方案》，高标准推进工程硕博士培养模式改革创新，为培养更多能够解决复杂工程问题和“卡脖子”技术难题、能够更好支撑国家重大战略及我省现代化产业升级需求的拔尖创新人才搭建新平台、开辟新赛道。